反卷积在进行大量计算的图像处理技术上，被利用改善在很多地显微镜拍摄的数字图像的对比度和分辨率。根据消除或扭转引起的物镜的孔径有限的显微镜图像中存在的模糊的方法，这些方法的基础是几乎大多数数字荧光显微镜获得的图像可以被反卷积，以及正在开发一些新的应用程序，透射光下的各种采集图像对比度增强策略通过应用反卷积技术。其中比较合适的改进主体，会通过反卷积是从一系列的光学部分构成的三维蒙太奇。
奥林巴斯显微镜-围绕收购的串行光学部分的卷积分析的基本概念示意图的检体是一种理想化的单元格从一系列的光学部分是沿z轴的一个广义的光学显微镜记录。对于每个试样中的焦平面，是由检测器进行记录，相应的图像平面中，并随后在一个数据分析计算机被存储。卷积分析，光学部分进行分析在整个系列，来建立一个三维的蒙太奇。
反卷积作为一种技术经常选用共聚焦显微镜作为很好的替代。这不是一定正确的选择，因为在共聚焦显微镜中使用的针孔孔径获得的图象也可以分析通过反卷积技术。但是大多数的反卷积实验文献报道适用于记录，但是在一个标准的宽视场荧光显微镜图像中。现代卷积算法取得可比分辨率的图像共聚焦显微镜。但是我们可以知道共聚焦显微镜和广角卷积显微镜都工作通过去除图像模糊，但这样做会有相反的机制。
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